| NO | NAMA SEKOLAH | STATUS SEKOLAH | NAMA KAMPUNG | |
| N | S | |||
| DISTRIK KOTA WAISAI | ||||
| 1 | SMP Negeri 14 Raja Ampat | √ | Waisai` | |
| 2 | SMP Negeri 21 Raja Ampat | √ | Moko | |
| 3 | SMP YPK Alfa Omega Waisai | √ | Waisai | |
| 4 | MTs Lim Waisai | √ | Waisai | |
| 5 | SMP YPPK SANTA MARIA REGINA | √ | Waisai | |
| 6 | SMP IT AL - IKHLAS | √ | Waisai | |
| 7 | MTs TQ MUADZ BIN JABAL | √ | Waimnir | |
| Jumlah | 2 | 5 | ||
| DISTRIK WAIGEO SELATAN | ||||
| 8 | SMP Negeri 1 Raja Ampat | √ | Saonek | |
| 9 | SMP Persiapan Yenbeser | √ | Yenbeser | |
| Jumlah | 2 | |||
| DISTRIK MEOSMANSAR | ||||
| 10 | SMP Negeri 9 Raja Ampat | √ | Yenbekwan | |
| Jumlah | 1 | |||
| DISTRIK WAIGEO BARAT DARATAN | ||||
| 11 | SMP Negeri 11 Raja Ampat | √ | Mutus | |
| Jumlah | 1 | |||
| DISTRIK WAIGEO BARAT KEPULAUAN | ||||
| 12 | SMP Negeri 19 Raja Ampat | √ | Gag | |
| 13 | SMP YPK PNIEL Paam | √ | Paam | |
| Jumlah | 1 | 1 | ||
| DISTRIK TELUK MANYALIBIT | ||||
| 14 | SMP Negeri 12 Raja Ampat | √ | Warsambin | |
| Jumlah | 1 | |||
| DISTRIK TIPLOL TELUK MANYALIBIT | ||||
| 15 | SMP NEGERI 28 RAJA AMPAT | √ | Go | |
| Jumlah | 1 | |||
| DISTRIK WAIGEO TIMUR | ||||
| 16 | SMP Negeri 10 Raja Ampat | √ | Urbinasopen | |
| Jumlah | 1 | |||
| DISTRIK WAIGEO UTARA | ||||
| 17 | SMP Negeri 2 Raja Ampat | √ | Kabare | |
| 18 | SMP NEGERI 23 RAJA AMPAT | √ | Asukweri | |
| Jumlah | 2 | |||
| DISTRIK WAWARBOMI | ||||
| 19 | SMP Negeri 17 Raja Ampat | √ | Warwanai | |
| Jumlah | 1 | |||
| DISTRIK SUPNIN | ||||
| 20 | SMP Persiapan Supnin | √ | Rauki | |
| Jumlah | 1 | |||
| DISTRIK KEPULAUAN AYAU | ||||
| 21 | SMP Negeri 8 Raja Ampat | √ | Dorehkar | |
| Jumlah | 1 | |||
| DISTRIK AYAU | ||||
| 22 | SMP NEGERI 24 RAJA AMPAT | √ | Abidon | |
| Jumlah | 1 | |||
| DISTRIK SALAWATI TENGAH | ||||
| 23 | SMP Negeri 5 Raja Ampat | √ | Kalobo | |
| 24 | MTs Waibu/Kalobo | √ | Kalobo | |
| Jumlah | 1 | 1 | ||
| DISTRIK BATANTA SELATAN | ||||
| 25 | SMP NEGERI 6 Raja Ampat | √ | Yenanas | |
| Jumlah | 1 | |||
| DISTRIK BATANTA UTARA | ||||
| 26 | SMP Negeri 16 Raja Ampat | √ | Yensawai | |
| Jumlah | 1 | |||
| DISTRIK SALAWATI UTARA | ||||
| 27 | SMP Negeri 13 Raja Ampat | √ | Yefman | |
| 28 | SMP NEGERI 27 RAJA AMPAT | √ | Samate | |
| Jumlah | 2 | |||
| DISTRIK SALAWATI BARAT | ||||
| 29 | SMP Persiapan Wayom | √ | Wayom | |
| Jumlah | 1 | |||
| DISTRIK MISOOL SELATAN | ||||
| 30 | SMP Negeri 4 Raja Ampat | √ | Fafanlap | |
| 31 | SMP Negeri 18 Raja Ampat | √ | Dabatan | |
| 32 | SMP IT USWATUN AR-RAHMAN | √ | ||
| Jumlah | 2 | 1 | ||
| DISTRIK MISOOL TIMUR | ||||
| 33 | SMP Negeri 15 Raja Ampat | √ | Folley | |
| 34 | SMP YPK Ebenhaezer Limalas | √ | Limalas | |
| Jumlah | 1 | 1 | ||
| DISTRIK MISOOL UTARA | ||||
| 35 | SMP Negeri 3 Raja Ampat | √ | Waigama/Salafen | |
| Jumlah | 1 | |||
| DISTRIK MISOOL BARAT | ||||
| 36 | MTs Darusalam Lilinta | √ | Lilinta | |
| 37 | SMP NEGERI 25 RAJA AMPAT | √ | Magey | |
| Jumlah | 1 | 1 | ||
| DISTRIK KOFIAU | ||||
| 38 | SMP Negeri 07 Raja Ampat | √ | Deer | |
| 39 | SMP NEGERI 22 RAJA AMPAT | √ | Balal | |
| 40 | SMPTK TOLOBI | √ | Tolobi | |
| Jumlah | 2 | 1 | ||
| DISTRIK KEPULAUAN SEMBILAN | ||||
| 41 | SMP Negeri 20 Raja Ampat | √ | Wejim | |
| Jumlah | 1 | |||
| SMP Negeri | 30 |
| SMP Swasta | 12 |
| Total Jumlah Sekolah Negeri dan Swasta | 42 |
